岛上有淡水，许宏在岛上还积存了不少粮食物资，刘衷便将此岛辟为基地，率舰出海时会来此补给。
眼见京城被自己牢牢把控，桓玄开始「快意恩仇」，举起清算的屠刀。
首先要杀的当然是司马道子父子，司马元显的罪状很好罗列，「骄奢狂纵，残害忠良，任用女干邪」等等，与其六子被判弃市。
倒是会稽王司马道子的罪名难安，桓玄记恨当年之仇，以「贪婪骄恣、宠昵群小、酗酒、纵子不孝」等罪名上疏，建议将司马道子弃市。
司马道子与京中门阀交情深厚，常常在一起宴饮悠游谈玄，京中士族都以为处罚太重，朝议时否决了桓玄的建议。
桓玄初掌建康，亦不敢太过违逆门阀的意愿，毕竟朝堂上的众人彼此之间非亲即故。
互相妥协，最后以天子名义下诏，流放司马道子江州安成郡。
说来可悲，司马道子身为会稽王，曾任太傅、丞相、司徒、扬州刺史等要职，主政多年，被押送至延尉时，满朝文武居然无一人相送。
守孝在家的王珣之子王珣，特来道旁相拜、攀车涕泣，算是还了当年屡次征召的情份。
处理完司马道子和司马元显，剩下的小角色很快就被决定了命运。
司马元显的心腹张法顺、太傅参军荀逊、庾楷庾鸿父子、吏部郎袁遵、谯王司马道子一同弃市。
让人没想到的是桓玄居然把冠军将军毛泰、游击将军毛遂也归在弃市之列，毛泰在抓拿司马元显时痛殴了他一顿，一是解解心中怨气，二是向桓玄表明自己与司马元显誓不两立，结果弄巧成拙，自己与兄弟也成了陪斩之人。
司马元显的两大心腹，张法顺和王诞，桓玄当然不肯放过王诞。右将军桓修为舅舅求情，桓玄看在自家堂兄的面子上没有杀王诞，将其流放广州岭南。
被判流放的还有丹
阳尹司马恢之、广晋伯司马允之，太傅主簿毛遁等人，京城一片血雨腥风。
说实话，在确立执政、诛杀政敌的时候，桓玄心里还是存了一分顾忌，他怕刘牢之出声反对，毕竟刘牢之手握数万北府雄师。
然而，刘牢之一句话也没有说，从桓玄分派方镇的情况来看，豫州刺史的位置空了出来，应该是留给自己的。
京城，桓玄自觉准备妥当，开始着手处置北府军以及刘牢之之事。
得知桓玄宣布任命自己为征东将军、会稽内史，刘牢之惊愕万分，怒道：「这么急着夺愚手中兵权，祸不远矣。」
京城，刘敬宣深感不妙，于是向桓玄禀明，回冽洲劝说父亲接受朝庭任命。
桓玄亦在试探，若是刘牢之接受任命自然皆大欢喜，桓修兼任徐衮二州刺史，自然顺理成章成为北府军的统率。
若是刘牢之率军来攻，自己便收回成命授刘牢之为豫州刺史，和气收场。至于刘敬宣是杀是留，无关大局，让他前去无妨。
刘敬宣急奔回冽洲，告诉父亲桓玄要下毒手，让刘牢之先下手为强，率北府军攻打建康。
刘牢之犹豫半晌，道：「军心不稳，荆州兵马虎视在侧，且先移兵班渎再说。」
班渎(1)，新州西南，离建康已远。桓玄得知消息后大喜，道：「北府军不再为忧。」
驻师班渎之后，刘牢之先行找来刘裕，道：「德舆，愚悔不听你言，酿成今日之祸。桓玄欺愚太甚，愚打算率军北上广陵，与高雅之会合，起军讨伐桓玄，你可愿随愚前往。」
刘裕斩钉截铁地道：「将军率数万北府雄师，却不战归降桓玄。如今桓玄掌控朝堂，天下臣民尽皆顺服，广陵虽近，愚恐桓玄不会让将军轻易前去。愚已然心灰意冷，想解甲归田，回到京口度此残生。」
见刘裕不肯随他去广陵，刘牢之又找到外甥何无忌，何无忌不置可否。
何无忌与刘裕关系密切，知道刘裕雄才大略，径直来问刘裕的意见。
刘裕叹道：「我看你舅父难逃桓玄毒手，你不妨随愚前去京口。桓玄如果守臣节咱们就投靠他，否则咱们背靠京口匡扶社稷。」
虽然未得到刘裕和何无忌的答复，刘牢之此时已决心讨伐桓玄，召聚众将和僚属商议北上广陵，据守江北以抗桓玄之事。
参军刘袭道：「事之不可者莫大于反，将军先反王兖州，再反司马郎君，现在又想桓公，一人三反，何以自立。恕愚难从。」
说罢，刘袭径直出帐离去。帐中将领、僚属对视一眼，纷纷离席出帐，整个帐内只剩下寥寥几人。
刘牢之惊恐万丈，知道军心已失，自己再难指挥北府军，忙命刘敬宣先回京口迎接家眷，然后一同逃往广陵。
三月二十八日，约期已至，刘敬宣却不见踪影。刘牢之以为全家都被桓玄所杀，只得领着部曲向北逃走，行至新洲，自缢而亡。
一个时辰后，刘敬宣赶到，得知父亲缢死，根本不敢停留祭哭，直接乘船渡江，投奔广陵。
刘牢之的部曲将刘牢之装殓起来，把灵柩运回丹徒。
桓玄得知刘牢之已死，顿觉浑身轻快，命人剖开棺木，砍下刘牢之的头颅，暴尸于市，可叹一代名将死于非命，身首两处。
襄阳，杨安玄从郗恢的信中得知京中剧变，血雨腥风大作，很快就要扑向雍州。
冯该大军尚未到来，对于这位杀父仇敌，杨安玄准备斩下他的人头祭奠杨佺期。